مرجع رسیدگی به اختلاف در تشخیص نوع کالا و تطبیق مشخصات آن با مندرجات تعرفه گمرکی و سایر اختلافات ناشی از اجرای مقررات‌ گمرکی و مقررات صادرات و واردات کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی است. این کمیسیون از پنج نفر کارمند بصیر و مطلع به امور گمرکی به‌ انتخاب رئیس کل گمرک و یک نفر از کارمندان بصیر و مطلع وزارت امور اقتصادی و دارایی و یک نفر از کارمندان بصیر و مطلع وزارت بازرگانی به‌ انتخاب وزرای مربوط تشکیل می‌شود.

در صورت بروز اختلاف بین گمرک و صاحب کالا در طبقه‌بندی کالا یک نفر نماینده از وزارتخانه ذیربط (‌بر حسب نوع کالا) به معرفی وزیر مربوط به‌ اعضاء کمیسیون اضافه می‌شود.

رای کمیسیون در مواردی که مابه‌الاختلاف مبلغ رای و مبلغ مورد قبول مودی یا مورد مطالبه گمرک ایران پنج میلیون (۵۰۰۰۰۰۰) ریال یا کمتر باشد،‌ برای طرفین قطعی و لازم‌الاجرا است و زاید بر پنج میلیون (۵۰۰۰۰۰۰) ریال، همچنین در سایر موارد مذکور در این ماده رای کمیسیون رسیدگی به‌ اختلافات گمرکی قابل تجدید نظر است و طرفین می‌توانند ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ رای کمیسیون، تفاضای تجدید نظر نمایند.