حقوق و مزایای مستخدمین وزارتخانه در ازای انجام وظایف سازمانی و خدمت تمام وقت بر اساس قانون نظام هماهنگ پرداخت‌ کارکنان دولت و اصلاحات بعدی آن و آیین‌نامه مصوب هیأت وزیران محاسبه و پرداخت می‌شود.