ماده ۶ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران

سازمان توسط هیأت مدیره متشکل از سه یا پنج نفر اداره خواهد شد. اعضاء هیأت مدیره توسط هیأت وزیران انتخاب خواهند شد. مدیر‌ عامل سازمان که ریاست هیأت مدیره را به عهده خواهد داشت، به موجب حکم ریاست جمهوری و از میان اعضاء هیأت مدیره منصوب و بالاترین مقام‌ اجرایی در زمینه‌های اقتصادی و زیربنایی منطقه می‌باشد. انتخاب مدیر عامل و اعضای هیأت مدیره برای مدت سه سال بوده و انتخاب مجدد آنان‌ بلامانع است.

عزل مدیر عامل و اعضاء هیأت مدیره با همان مراجع انتخاب‌کننده می‌باشد. هیأت وزیران مسئولیت و اختیار مجامع عمومی سازمان هر منطقه را به‌عهده دارد.