به‌ منظور جلوگیری از انحراف شوراها از وظایف قانونی خود و نظارت بر عملکرد آن‌ها از حیث وظایف مقرر و رسیدگی به شکایات نسبت به تخلفات اعضای شوراها، هیأت‌هایی به نام هیأت نظارت بر عملکرد و حل اختلاف شوراها به ترتیب زیر تشکیل می‌شود:

۱ (اصلاحی ۱۴۰۳/۱۲/۱۹)– هیأت مرکزی نظارت بر عملکرد و حل اختلاف شوراها با عضویت یکی از معاونین‌ رئیس جمهور به انتخاب و معرفی رئیس جمهور، معاون ذی‌ربط وزارت کشور، رئیس یا‌ یکی از معاونین دیوان عدالت اداری به انتخاب رئیس این دیوان، یکی از معاونین دادستان‌ کل کشور به انتخاب دادستان کل کشور، سه نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به‌ پیشنهاد کمیسیون شوراها و امور داخلی کشور و تصویب مجلس شورای اسلامی، دو نفر از اعضای شورای عالی استان‌ها به انتخاب آن شورا جهت رسیدگی به شکایات از‌ شورای استان و شورای عالی استان‌ها و شورای شهر تهران تشکیل می‌شود. هیأت در اولین‌ جلسه یک رئیس و یک نایب رئیس از بین خود انتخاب خواهد نمود.

۲ (اصلاحی ۱۴۰۳/۱۲/۱۹)– هیأت استانی نظارت بر عملکرد و حل اختلاف شوراها به عضویت و ریاست‌ استاندار و عضویت رئیس کل دادگستری استان، یک نفر از اعضای شورای استان به انتخاب‌ آن شورا و سه نفر از نمایندگان استان مربوطه در مجلس شورای اسلامی جهت رسیدگی به‌ شکایات از شورای شهر و شورای شهرستان تشکیل می‌شود.

۳ (اصلاحی ۱۴۰۳/۱۲/۱۹)– هیأت شهرستانی نظارت بر عملکرد و حل اختلاف شوراها به عضویت و ریاست ‌فرماندار و عضویت رئیس دادگستری شهرستان و دو نفر از اعضای شورای شهرستان به‌ انتخاب آن شورا و یک نفر از اعضاء شورای استان به انتخاب هیأت حل اختلاف استان جهت رسیدگی به‌ شکایات از شورای روستا و بخش تشکیل می‌شود.