اجرای احکام دادگاه‌های نظامی مطابق مقررات قانون آیین دادرسی کیفری به عهده دادسرای نظامی صادرکننده کیفرخواست است. در موارد احاله و عدم صلاحیت، اجرای احکام دادگاه‌ها، به ترتیب بر عهده دادسرای مرجع محالٌ‌الیه و مرجع صالح به رسیدگی است.