اجرای احکام دادگاههای نظامی مطابق مقررات قانون آیین‌دادرسی کیفری به‌عهده دادسرای نظامی صادرکننده کیفرخواست است. در موارد احاله و عدم صلاحیت، اجرای احکام دادگاهها، به‌ترتیب برعهده دادسرای مرجع محالٌ‌‌الیه و مرجع صالح به رسیدگی است.