ماده ۲۵ـ
الف ـ مواد (۱۶۱)، (۱۶۲)، (۱۶۷)، (۱۶۹مکرر)، (۱۷۱)، تبصره (۱) ماده (۱۷۷)، (۱۷۸)، (۱۸۲)، (۱۸۶) و تبصره (۱) آن، (۱۹۱)، (۱۹۸)، (۲۰۲)، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد (۲۱۰) تا (۲۱۶)، (۲۱۸)، (۲۱۹)، (۲۳۱)، (۲۳۲)، (۲۳۵)، (۲۴۲)، (۲۴۳)، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد (۲۵۷)، (۲۷۴) منهای بند (۳) آن، (۲۷۵)، (۲۷۶)، (۲۷۷) و (۲۷۹) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد این قانون جاری است. احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه مأخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. احکام فصل سوم باب پنجم قانون مالیات های مستقیم در خصوص مواد (۲۹) و (۳۲) این قانون جاری نمی باشد.
تبصره ۱ـ شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده (۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مودیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان جاری نمی‌باشد. این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده (۱۴) این قانون و تبصره (۱) ماده (۱۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی مودیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده (۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان شود.
تبصره ۲ـ در خصوص مودیان عضو سامانه مودیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مودی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید.
تبصره ۳ـ به منظور رسیدگی به پرونده‌های قابل طرح این قانون در شورای‌عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می‌یابد.
ب ـ در صورت عدم عضویت مودیان در سامانه مودیان مواد (۹۷)، (۱۶۹)، (۱۸۱)، (۲۳۰) و بند (۳) ماده (۲۷۴) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات‌های این قانون، جاری است.
تبصره ـ ماده (۲۷۲) قانون مالیات‌های مستقیم و تبصره‌های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده (۳) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، در مورد مالیات‌های این قانون جاری است.