ماده ۶۵- به منظور ساماندهی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و ایفای نقش مؤثر آنها در تحقق اهداف سند چشم‌انداز بیست ساله نظام، اعمال مدیریت یکپارچه و ایجاد رشد اقتصادی مناسب در این مناطق، هم پیوندی و تعامل اثرگذار اقتصاد ملی با اقتصاد جهانی و ارائه الگوی توسعه ملی در بخش‌های مختلف:
الف- مدیران سازمان‌های مناطق آزاد به نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب می‌شوند و کلیه وظایف، اختیارات و مسؤولیت‌های دستگاه‌های اجرایی دولتی مستقر در این مناطق به استثنای نهادهای دفاعی و امنیتی به عهده آنها است. سازمان‌های مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره می‌شوند.
تبصره ۱- واگذاری وظایف، اختیارات و مسؤولیت‌های دستگاه‌های تحت نظر مقام معظم رهبری، با موافقت ایشان صورت می‌پذیرد.
تبصره ۲- اختیارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد به مدیر سازمان منطقه آزاد واگذار می‌شود.
ب- کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به هنگام ورود به سایر نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی به کار رفته در آن، تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
تبصره ۱- مواد اولیه و کالاهای واسطه‌ای خارجی به کار رفته در تولید، مشروط به پرداخت حقوق ورودی، در حکم مواد اولیه و کالای داخلی محسوب می‌شود.
تبصره ۲- مواد اولیه و قطعات خارجی به کار رفته در کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که در گذشته از سایر مناطق کشور به منطقه ارسال شده و در تولید و یا پردازش محصولی که به کشور وارد می‌شود، به کار گرفته شود در حکم مواد اولیه تلقی می‌شود و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.
پ- هزینه‌های بندری مربوط که طبق قوانین جاری از کشتی‌ها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت می‌شود در صورتی که این بنادر توسط بخش‌های خصوصی، تعاونی و مناطق آزاد تجاری - صنعتی در محدوده مناطق آزاد ایجاد شده باشند، توسط سازمان‌های مناطق آزاد مربوطه اخذ می‌شود. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخیص کشتی‌ها طبق قوانین جاری و بین‌المللی اقدام کنند.
ت- مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به استثنای عوارض موضوع ماده (۱۰) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۷/۶/۱۳۷۲)، مالیات و حقوق ورودی معاف می‌باشند.
ث‌ـ به منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بین‌المللی، ایجاد نمایندگی دانشگاه‌های داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانه‌های ذی‌ربط و تأسیس دانشگاه‌های خصوصی در مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.
ج- محدوده آبی مناطق آزاد تجاری - صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی که به تأیید ستاد کل نیروهای مسلح می‌رسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین می‌شود و از امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی ایران مصوب ۷/۶/۱۳۷۲ و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.
ج‌ـ به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری، سازمان‌های مناطق آزاد موظفند حداقل یک درصد (٪۱) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی به محرومان و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.